MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d

Total Repeats: 150

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018304	CTT	2	6	266	271	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912628
2	NC_018304	GC	3	6	287	292	0 %	0 %	50 %	50 %	399912628
3	NC_018304	TC	3	6	340	345	0 %	50 %	0 %	50 %	399912628
4	NC_018304	AGGT	2	8	351	358	25 %	25 %	50 %	0 %	399912628
5	NC_018304	AGGAA	2	10	364	373	60 %	0 %	40 %	0 %	399912628
6	NC_018304	ATC	2	6	383	388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912628
7	NC_018304	TAAAG	2	10	490	499	60 %	20 %	20 %	0 %	399912628
8	NC_018304	GCA	2	6	581	586	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
9	NC_018304	GCC	2	6	602	607	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
10	NC_018304	GCC	2	6	682	687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
11	NC_018304	TCGA	2	8	766	773	25 %	25 %	25 %	25 %	399912628
12	NC_018304	CTG	2	6	785	790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
13	NC_018304	GGCA	2	8	795	802	25 %	0 %	50 %	25 %	399912628
14	NC_018304	GATG	2	8	925	932	25 %	25 %	50 %	0 %	399912628
15	NC_018304	CTT	2	6	941	946	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912628
16	NC_018304	GTT	2	6	955	960	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399912628
17	NC_018304	GCT	2	6	1019	1024	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
18	NC_018304	CCG	2	6	1033	1038	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
19	NC_018304	CGA	2	6	1149	1154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
20	NC_018304	CGATC	2	10	1156	1165	20 %	20 %	20 %	40 %	399912628
21	NC_018304	GAG	2	6	1168	1173	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
22	NC_018304	CTT	2	6	1199	1204	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912628
23	NC_018304	TGC	2	6	1258	1263	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
24	NC_018304	AGG	2	6	1314	1319	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
25	NC_018304	AGC	2	6	1365	1370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
26	NC_018304	TCG	2	6	1407	1412	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
27	NC_018304	GAT	2	6	1414	1419	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912628
28	NC_018304	ATG	2	6	1548	1553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912628
29	NC_018304	GC	3	6	1605	1610	0 %	0 %	50 %	50 %	399912628
30	NC_018304	CGT	2	6	1611	1616	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
31	NC_018304	CGT	2	6	1648	1653	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
32	NC_018304	CCG	2	6	1656	1661	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
33	NC_018304	TC	3	6	1667	1672	0 %	50 %	0 %	50 %	399912628
34	NC_018304	CCG	2	6	1702	1707	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
35	NC_018304	CG	4	8	1813	1820	0 %	0 %	50 %	50 %	399912628
36	NC_018304	ATG	2	6	1844	1849	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912628
37	NC_018304	CGA	2	6	1851	1856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
38	NC_018304	GCT	2	6	1909	1914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
39	NC_018304	GCA	2	6	1915	1920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
40	NC_018304	CGA	2	6	2031	2036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
41	NC_018304	TCCG	2	8	2040	2047	0 %	25 %	25 %	50 %	399912628
42	NC_018304	GC	3	6	2123	2128	0 %	0 %	50 %	50 %	399912628
43	NC_018304	GATC	2	8	2149	2156	25 %	25 %	25 %	25 %	399912628
44	NC_018304	GAG	2	6	2222	2227	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
45	NC_018304	GGGATC	2	12	2238	2249	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399912628
46	NC_018304	GAA	2	6	2297	2302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912628
47	NC_018304	GCA	2	6	2349	2354	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
48	NC_018304	GC	3	6	2365	2370	0 %	0 %	50 %	50 %	399912628
49	NC_018304	ATGC	2	8	2475	2482	25 %	25 %	25 %	25 %	399912628
50	NC_018304	CAG	2	6	2595	2600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
51	NC_018304	TACC	2	8	2689	2696	25 %	25 %	0 %	50 %	399912628
52	NC_018304	CGA	2	6	2886	2891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
53	NC_018304	CAC	2	6	2997	3002	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912628
54	NC_018304	TCG	2	6	3040	3045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
55	NC_018304	GC	3	6	3319	3324	0 %	0 %	50 %	50 %	399912628
56	NC_018304	GAG	2	6	3326	3331	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
57	NC_018304	TCATC	2	10	3367	3376	20 %	40 %	0 %	40 %	399912628
58	NC_018304	CCA	2	6	3398	3403	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912628
59	NC_018304	GAC	2	6	3446	3451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
60	NC_018304	CTA	2	6	3472	3477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912628
61	NC_018304	GGC	2	6	3490	3495	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912628
62	NC_018304	GCCT	2	8	3722	3729	0 %	25 %	25 %	50 %	399912629
63	NC_018304	CGA	2	6	3761	3766	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912629
64	NC_018304	CAGCC	2	10	3843	3852	20 %	0 %	20 %	60 %	399912629
65	NC_018304	CCG	2	6	3886	3891	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912629
66	NC_018304	CGCGG	2	10	3897	3906	0 %	0 %	60 %	40 %	399912629
67	NC_018304	CAC	2	6	3933	3938	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912629
68	NC_018304	CG	3	6	4004	4009	0 %	0 %	50 %	50 %	399912629
69	NC_018304	CGA	2	6	4046	4051	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912629
70	NC_018304	CCGT	2	8	4160	4167	0 %	25 %	25 %	50 %	399912629
71	NC_018304	CG	3	6	4178	4183	0 %	0 %	50 %	50 %	399912629
72	NC_018304	CGA	2	6	4497	4502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912630
73	NC_018304	AGA	2	6	4547	4552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912630
74	NC_018304	GCT	2	6	4599	4604	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912630
75	NC_018304	ATG	2	6	4761	4766	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912631
76	NC_018304	TTG	2	6	4810	4815	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399912631
77	NC_018304	GAC	2	6	4878	4883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912631
78	NC_018304	AAT	2	6	4893	4898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	399912631
79	NC_018304	GATA	2	8	4971	4978	50 %	25 %	25 %	0 %	399912631
80	NC_018304	CCA	2	6	5056	5061	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912631
81	NC_018304	TCATGG	2	12	5129	5140	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	399912631
82	NC_018304	TTGGC	2	10	5269	5278	0 %	40 %	40 %	20 %	399912631
83	NC_018304	GTC	2	6	5412	5417	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
84	NC_018304	GGT	2	6	5428	5433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912631
85	NC_018304	AAT	2	6	5442	5447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	399912631
86	NC_018304	GGC	2	6	5604	5609	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912631
87	NC_018304	ATTT	2	8	5647	5654	25 %	75 %	0 %	0 %	399912631
88	NC_018304	CTG	2	6	5781	5786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
89	NC_018304	TCG	2	6	5846	5851	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
90	NC_018304	GGCA	2	8	5859	5866	25 %	0 %	50 %	25 %	399912631
91	NC_018304	GTG	2	6	5880	5885	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912631
92	NC_018304	CATGC	2	10	5898	5907	20 %	20 %	20 %	40 %	399912631
93	NC_018304	CGT	2	6	5930	5935	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
94	NC_018304	CG	3	6	6409	6414	0 %	0 %	50 %	50 %	399912632
95	NC_018304	AGC	2	6	6545	6550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912632
96	NC_018304	TGA	2	6	6562	6567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912632
97	NC_018304	GGT	2	6	6717	6722	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912632
98	NC_018304	CTT	2	6	6723	6728	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912632
99	NC_018304	CGCT	2	8	6778	6785	0 %	25 %	25 %	50 %	399912632
100	NC_018304	GAT	2	6	6822	6827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912632
101	NC_018304	ATC	2	6	6852	6857	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912632
102	NC_018304	TGG	2	6	6955	6960	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912633
103	NC_018304	GCG	2	6	6970	6975	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
104	NC_018304	TCG	2	6	7065	7070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
105	NC_018304	GGC	2	6	7090	7095	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
106	NC_018304	CCA	2	6	7174	7179	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912633
107	NC_018304	GCG	2	6	7269	7274	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
108	NC_018304	GGT	2	6	7396	7401	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912633
109	NC_018304	CAT	2	6	7436	7441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912633
110	NC_018304	TGC	2	6	7482	7487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
111	NC_018304	GGC	2	6	7535	7540	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
112	NC_018304	CGC	2	6	7597	7602	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912633
113	NC_018304	CGG	2	6	7609	7614	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
114	NC_018304	GCC	2	6	7784	7789	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912633
115	NC_018304	TGCCTT	2	12	7795	7806	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	399912633
116	NC_018304	GCT	2	6	7857	7862	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
117	NC_018304	GAA	2	6	7980	7985	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912633
118	NC_018304	GAC	2	6	8069	8074	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912633
119	NC_018304	TGGA	2	8	8075	8082	25 %	25 %	50 %	0 %	399912633
120	NC_018304	ACC	2	6	8124	8129	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912633
121	NC_018304	GC	3	6	8137	8142	0 %	0 %	50 %	50 %	399912633
122	NC_018304	GAA	2	6	8211	8216	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912633
123	NC_018304	CAC	2	6	8231	8236	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912633
124	NC_018304	CGTC	2	8	8296	8303	0 %	25 %	25 %	50 %	399912633
125	NC_018304	CTG	2	6	8346	8351	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
126	NC_018304	TCG	2	6	8452	8457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
127	NC_018304	CTT	2	6	8501	8506	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912633
128	NC_018304	CAC	2	6	8591	8596	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912634
129	NC_018304	ATA	2	6	8704	8709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	399912634
130	NC_018304	TCT	2	6	8713	8718	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912634
131	NC_018304	CAA	2	6	8726	8731	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399912634
132	NC_018304	AGC	2	6	8783	8788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912634
133	NC_018304	ATGT	2	8	8808	8815	25 %	50 %	25 %	0 %	399912634
134	NC_018304	TGC	2	6	8831	8836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912634
135	NC_018304	TCCC	2	8	8847	8854	0 %	25 %	0 %	75 %	399912634
136	NC_018304	AAAC	2	8	8888	8895	75 %	0 %	0 %	25 %	399912634
137	NC_018304	T	6	6	8946	8951	0 %	100 %	0 %	0 %	399912634
138	NC_018304	GGC	3	9	8978	8986	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912634
139	NC_018304	GCA	2	6	8987	8992	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912634
140	NC_018304	AAG	2	6	9022	9027	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912634
141	NC_018304	ACG	2	6	9031	9036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912634
142	NC_018304	CG	3	6	9092	9097	0 %	0 %	50 %	50 %	399912634
143	NC_018304	AT	3	6	9155	9160	50 %	50 %	0 %	0 %	399912634
144	NC_018304	GGA	2	6	9435	9440	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912634
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147	NC_018304	CATT	2	8	9557	9564	25 %	50 %	0 %	25 %	399912634
148	NC_018304	CCA	2	6	9685	9690	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912634
149	NC_018304	CGCA	2	8	9766	9773	25 %	0 %	25 %	50 %	399912634
150	NC_018304	GC	3	6	9777	9782	0 %	0 %	50 %	50 %	399912634

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.